Prügy község területén a régészeti leletek tanúsága szerint már az őskorban lakott település állt. A Takta csatorna partján 6000 éves kőkori telep nyomait fedezték fel a régészek. A föld mélyéből kőbalták, edénytöredékek, csiszolt csontok kerültek elő.

A Taktaköz falvai - így Prügy is - középkori eredetű. Az Árpád kori oklevelekben Prügymonostora (Prügytelek) néven szerepel. Az Aba nemzetség Bodrog-Keresztury ágához tartozó Prud ispán volt a névadója. Később Pugtelek (1372), Pygh (1437), majd Pugh (1463) néven említik a források. Ebben az időben a Bekényi és a Cseh (14.-15. sz.), majd a Farkas, a Rakamazy és a Parloghy család (15. sz.) a falu birtokosa. A 18. században a Patay, az Almássy és a Meskó családok a község bortokosai. Az 1908-as névrendezés a falu nevét Pthrügyről Prügyre változtatja. Ekkor gróf Széchenyi Wolkenstein Ernő, gróf Szirmai Ottó és Dr. Csobaji Gyula a terület birtokosa.

A település természetes határai (a Takta és a Tisza folyók) mocsaras, lápos környezete miatt a tatárjárás és a törökdúlás idején - a Taktaköz más településeivel együtt - kitűnő rejtekhelyül szolgált a menekülő lakosságnak.

Egy véletlen tűzeset folytán szinte az egész falu leégett (1752), majd járványok tizedelték meg a lakosságot (kolera 1831), később szélvihar (1859) és árvíz (1862) okoz jelentős károkat.

Az 1848-1849-es forradalom és szabadságharc idején nem tesznek említést a területről (néhány jobbágy vett részt a harcokban). A történelem vihara először igazán az első világháború idején és az azt követő román megszálló csapatok jelenlétekor éri el a községet, mely ennek következtében jelentős károkat szenved. Nem kerülte el Prügy a második világháború okozta megpróbáltatásokat sem. 1944 őszén harcok dúltak a falu határában: épületek sérültek meg, pusztultak el.

Az újjáépítés után, 1950-től a községet Szabolcs vármegyétől Borsod-Abaúj-Zemplén megyéhez csatolták.
A lakosság állattartással; árpa, rozs, kender, kukorica, kerti zöldségfélék (híres volt a prügyi torma) termesztésével, háziipari termékek (kosár, szekérkas) és az állattartásból származó termékek (tej, vaj, sajt, túró) értékesítésével, valamint napszámos munkával biztosította megélhetését.